Der quadra­tische Chor wurde nach Osten hin erweitert und dreiseitig geschlos­sen. Auch die Sakristei wurde vermutlich in dieser Zeit errichtet, und der Turm über dem Chor scheint ebenfalls in dieser Zeit entstanden zu sein. Allerdings war er damals noch ein Stockwerk niedriger als heute. Die Nordwand der alten Kirche wurde ganz niedergerissen und mit dem Abbruchmaterial eine neue Nordwand im Abstand von ca. 2,5m errichtet. Damals entstand auch die frühgotische Vorhalle, die sich ohne Baufuge in das Gemäuer der Nordwand einfügt. In die­ser Wand befanden sich auch drei Nischen, deren Verwendungszweck sich nicht mehr erschließen lässt.
Dass an der Nordseite des heutigen Chores ein Nebenchor war, lässt sich nur vermuten. Ob nun die ganze Kirche gewölbt war, oder die Erweiterung nach Norden hin ein gewölbtes Seitenschiff bildete, lässt sich nicht mit Sicherheit sagen. Zu dieser Vermutung gibt eine Konsole mit dem Lentersheimer Wap­pen Anlass, die in der Nordwand unter der Empore zu sehen ist. Der Chor der gotischen Kirche war wesentlich länger und hatte zwei Joche. Er reichte bis an die Stelle, an der sich heute die Kanzel befin­det, und war durch einen Chorbogen abgeschlossen. Die Gewölbeansätze an der Südwand (bei der Kanzel) wurden 1988 nachgewiesen, ebenso der Rippenbogen, der direkt unter dem Putz über dem heutigen Chorbogen liegt und das erste Gewölbejoch gegen Westen abschloss. Von der Chorseite her konnte auch festgestellt werden, dass die Gewölbe­rippen, die Fresken sowie der Putz der Chornord- und -südwand hin­ter dem Chorbogen weiterverlaufen. Im Chorbogen sind die umge­drehten, stark abgefasten Gewändesteine des gotischen Chorbogens wiederverwandt worden.

Eine durchgreifende Veränderung, bei der die Kirche ihre heutige Gestalt erhielt, erfolgte im Jahre 1723. Dazu heißt es in einem Salbuch von 1734: ,,… sie ist nach und nach er­weitert und Anno 1723 ziemlich erhöht und fast völlig restauriert wor­den“. Dass das alte Langhaus niedriger war, kann man heute noch an dem Dachansatz sehen, der sich auf dem Kirchenboden an der West- und Nordwestseite des Turmes abzeichnet. Im Kirchenschiff wurden damals die etwas übergroßen Rundbogenfenster eingebrochen. Den Chor verkürzte man um ein Joch und setzte einen rundbogigen Chorbogen an die heutige Stelle. Die Langhausmauern wurden erhöht und über einem reich profilierten Gesims errichtete man ein flaches Muldengewölbe.
Der Turm wurde um ein Fachwerkstockwerk erhöht, was vermutlich die Rückverlegung des Chorbogens unter die Westwand des Turmes nötig machte, um die größere Last des Mauer­werks abzufangen. Um 1798 zerstörte ein Blitzschlag das Turmdach, das dann sofort in der heutigen Form wieder aufgebaut wurde. Da 1834 der Turm noch ein Schindeldach besaß, war die Überlegung, ob man ihn nicht wegen des beständigeren Materials mit Weißblech eindecken sollte. Der Kosten­anschlag für die Weißblecheindeckung vom Flaschnermeister Grießmeier aus Gunzenhausen belief sich auf 991 fl. 28 Kr. Für eine Schindeleindeckung berechnete der Zimmermeister aus Neuenmuhr 890 fl. 90 Kr. Wegen des stark defekten Dachstuhls entschied die Regierung für das leichtere Schindeldach. Hauptgrund aber war wohl der niedrigere Preis. 1859 und 1958 wurde die Turmzwiebel mit Schiefer gedeckt. 1978 er­neuerte man verschiedene Teile des Gebälks und verkleidete die Kup­pel mit Kupferblech. Die Inneneinrichtung stammt mit Ausnahme des Altars und des Chorgestühls aus der Umbauzeit der Kirche im Jahr 1723. Ein besonderer Schmuck der Kirche sind die zahlreichen Epitaphien. Von 1908 bis 1910 fand eine durchgreifende Innenrenovierung statt, wobei die Epitaphien, die heute innen und außen an dem Langhaus und Chormauern angebracht sind, aus dem Fußboden gehoben wurden. Einige weniger gut erhal­tene Epitaphien wurden leider zu Schotter zerschlagen. Weil in einigen Nachbarorten der Blitz während des Gottesdienstes in die Kirche geschlagen und die Gottesdienstbesucher wegen des zu kleinen Eingangs das Gotteshaus nicht schnell genug verlassen konnten, wurde in dieser Zeit auch ein neuer Eingang zur Doppelempore geschaffen, der aber 1978/79 wieder vermauert wurde – trotz heftigen Wider­spruchs von seiten der Gemeinde. 1910 wurden auch die Fen­ster neu ein­geglast. Die Vorhänge, die bisher an den Fen­stern waren, entfernte man. 1989 wurden die Fenster total erneuert. Zu einer Neueindeckung des Kirchendaches kam es bereits 1968. 1977/78 wurde die gesamte Kirche außen und von 1988 bis 1990 innen renoviert. 1989 nahm man an dem inzwischen wieder schadhaft gewordenen Äußeren Ausbesserungen vor.
2014-2016 wurde dei Kirche erneut renoviert: 2014 das Kirchendach und 2015/16 das Innere. Als nach der abgeschlossenen Renovierung erneute Befunduntersuchungen an den Wänden, aber auch am Mobiliar und den Türen der Kirche vorgenommen wurden, stieß man Renaissancemalereien. an der Türe zur Orgelempore: Bibelverse (Psalm 51, 17 im oberen Türfeld und Johannes 8, 47 im unteren Türfeld) in schwungvoller Kalligrafie und dazu die Jahreszahl 1674. Ob die Malereien schon immer an dieser Stelle waren oder hier einen Platz in Zweitverwendung fanden, lässt sich nicht mehr klären. Es könnte durchaus sein, dass sie vor 1723, vor dem Umbau der Kirche, Teil der Emporenbrüstung waren oder zur Ausstattung der herrschaftlichen Loge gehörten. Auf jeden Fall ist neben Teilen des Chorgestühls die Tür das älteste Inventarstück der Kirche, denn Emporen, Kanzel und Orgel stammen aus dem 18. Jahrhundert, der Altar wurde in seiner heutigen Form erst 1844 aufgestellt und der Taufstein ist noch jünger. Durch die Freilegung der Malerei ist diese einfache Tür zu einer Bereicherung der Kirche St. Johannis geworden.